Des premiers hommes à l'Empire Romain
Fleury d’Aude et ses environs sont habités depuis très longtemps puisque l’Homme aurait foulé le sol de la Clape il y a près de 100 000 ans. En témoignent non seulement la caverne préhistorique déblayée non loin du village, mais aussi les nombreux vestiges trouvés au cours des fouilles ou même des labours. Ce sont ainsi des pierres taillées ou polies ou des choppers (nom que les archéologues donnent à un outil façonné par éclatement d’un galet sur une seule face) qui relatent le passage de l'Homme de Néanderthal sur la commune. Dans la continuité de l’évolution des civilisations on retrouve des pendentifs de l’âge de bronze et des urnes funéraires renfermant des bijoux ou des armes en fer, ces dernières caractéristiques des civilisations dites hallstattiennes prouvent qu’une importante population celtique vivait déjà sur ce sol 1 000 ans au moins avant J-C.
Plus tard, Hannibal aurait traversé la Clape par Gruissan et Fleury à la tête d’une armée de 60 000 hommes pour attaquer la puissante Rome. C'est d'ailleurs sous l’Empire Romain, dont témoignent l’immense aqueduc souterrain qui fournissait le village en eau potable et les vestiges de plusieurs villas (comme le Fount de Rome), que le village de Fleury a pris son nom d’origine : Pérignan. Cette dénomination provient sans aucun doute du nom du Romain, Pérignanus, responsable de la bourgade à l’époque latine, de même qu’en proviennent sans doute le symbole et les armoiries de la localité, un bel arbre portant des poires d’or. Mais pour être tout à fait complet sur le toponyme de Pérignan, il faut noter que le suffixe «an» ne serait pas seulement un raccourci du nom de Pérignanus, mais qu’il s’agirait plutôt d’une marque très fréquente à la fin des noms des villages audois telle qu’on la retrouve dans Lespignan, Marcorignan, Gruissan, Vinassan, etc, qui désigne un regroupement de terres.
Une vie de château parsemée de légendes
Concernant le passé médiéval de la commune, un bâtiment du coeur de ville interpelle, connu sous le nom de Tour Balayard, il rappelle l’époque où ce dernier était fortifié et surmonté d'un château. Les portes et les porches, toujours visibles, qui subsistent aux abords des actuels boulevards centraux du village, sont les vestiges des anciens remparts. La Tour Balayard, qui est sans doute d’origine wisigothique, semble avoir servi de tour de guet, de tour de défense et même de pigeonnier seigneurial (comme le prouvent les nombreuses alvéoles qu’elle contient, qui permettaient aux pigeons de nicher).
Nombre d’autres lieux historiques subsistent et témoignent de la vie féodale de la commune. C'est le cas de la chapelle des Pénitents, visible dans la rue du même nom, qui faisait partie intégrante du château et était donc réservée aux dévotions des chatelains du lieu. Elle fut cédée par la suite à la confrérie des Pénitents Blancs, puis désacralisée au début du XXème siècle. Il est à noter que le vieux village est construit autour d'un point culminant appelé la Cour de la Terrasse, qui était autrefois la cour d’honneur du château. De ce lieu court tout un réseau de souterrains qui permettait de fuir la citadelle en cas de danger, bien que l’histoire n’ait pas retenu que le village ait jamais été assiégé. Une légende suggère que ces tunnels aboutissaient aux environs de la chapelle de Notre-Dame de Liesse sur la route de Lespignan. Autour de l’actuelle place du Ramonétage, située sous cette fameuse terrasse, figurait l’ensemble des écuries des Seigneurs surmontées par les demeures des Ramonets, mot qui désignait au départ un lien de vassalité entre les seigneurs du Midi et les puissants Raimonds, comtes de Toulouse (ramonets signifiant petits sujets de Raimond), et qui par extensions successives a fini par désigner les ouvriers chargés de s’occuper des chevaux et laisser son nom à ce lieu. Pour finir ce point d'histoire sur le centre du village, il convient d'évoquer l’église paroissiale, très ancienne, puisque sa construction débuta au XIème siècle. D'un point de vue architectural, l'église Saint-Martin a la particularité de présenter à la fois des éléments du style roman et du style gothique. Après des modifications, notamment au XIXème siècle, elle a connu depuis les deux dernières décennies des embellissements successifs. Elle s’est trouvée ainsi progressivement dégagée des bâtiments d’habitation qui lui étaient mitoyens. La façade extérieure est désormais classée «Monument historique» et on peut admirer à l’intérieur, entre autres, l’escalier du clocher qui date du début du XVIIIème siècle, ainsi que les vitraux authentiques qui évoquent pour certains les hauts faits du Patron du village, Saint Martin.